Kult Matki Bożej Lipskiej sięga XV wieku, a może i wcześniej. Przez wieki pielgrzymi z ziemi lubawskiej, Prus Książęcych, Pomorza i Mazowsza, a także w okresie zaborów – zza kordonu granicznego, przybywali do Lipskiej Pani, szukając u Niej pocieszenia, uzdrowienia i duchowego wsparcia.

Tak było również w okresie międzywojennym, gdy kustoszem sanktuarium był ks. Leon Kasyna. Procesje odbywały się w niezwykłej atmosferze: iluminowane trasy, girlandy kwiatów, religijne obrazy i dźwięki dzwonów, którym wtórowała orkiestra z Rożentala, nadawały uroczystościom wyjątkowy charakter. Kazania głosili znani misjonarze, jak choćby o. Alojzy Liguda SVD, który w 1938 roku przekazywał wiernym słowo Boże, a kilka lat później oddał życie w Dachau – dziś błogosławiony Kościoła.

Po wojnie, w latach trudnych dla Kościoła, opiekę nad sanktuarium sprawował ks. Edward Jankowski. Następnie kolejnym kustoszem został ks. Bernard Kwiatkowski, który w 1974 roku wprowadził nowe formy kultu: pasterkę maryjną oraz nabożeństwo dla rolników i kierowców. Jego następca, ks. Franciszek Koska, zatroszczył się o zabezpieczenie materialnych świadectw kultu, m.in. sporządzając szczegółowy spis cennych wotów – darów wdzięczności składanych Matce Bożej przez pokolenia pielgrzymów.

Rok 1991 był momentem przełomowym – to wtedy odbyła się ostatnia procesja odpustowa w ramach diecezji chełmińskiej, którą poprowadził bp Marian Przykucki. W tym samym roku w kazaniu wygłoszonym przed procesją ks. Janusz Pasierb, poeta i teolog, symbolicznie porównał moment przejścia do nowej diecezji toruńskiej do ożywienia herbu Lubawy, przedstawiającego biskupa z pastorałem, stojącego między dwiema lipami – jakby historia na nowo zatoczyła krąg.

Rok później, w 1992 roku, w procesji szedł już bp Andrzej Suski, pierwszy ordynariusz nowej diecezji toruńskiej. Przełomowym wydarzeniem było afiliowanie sanktuarium w 2004 roku do rzymskiej Bazyliki Matki Bożej Większej – co podniosło rangę tego miejsca na arenie międzynarodowej.

Obecny kustosz, ks. kan. Mieczysław Rozmarynowicz, od ponad 33 lat troszczy się o parafię farną i sanktuarium, nadając mu blask godny jego duchowego znaczenia. Pielgrzymów wita dziś nowa brama wjazdowa, odrestaurowany kościół z odnowionymi organami i złoceniami ołtarza, a także nowo powstałe stacje Drogi Krzyżowej i ołtarz polowy, otoczone promieniście usytuowanymi alejami lipowymi.

Sanktuarium, zanurzone w zieleni, dzięki tysiącom posadzonych roślin, jest miejscem gościnnym i przyjaznym dla pielgrzymów, sprzyjającym wewnętrznemu wyciszeniu, modlitwie, a nawet odpoczynkowi. To miejsce, które Matka Boża Lipska sama wybrała dla swoich czcicieli – z dala od zgiełku świata, w sercu przyrody.